ネットショップ（ECサイト）を運営して収入を得ている場合、確定申告が必要になります。この記事では、ネットショップ運営者が税理士に依頼するメリットと、EC事業の税務に強い税理士の選び方を解説します。結論として、ネットショップは売上の計上タイミング・在庫管理・越境ECの消費税処理など、独自の論点が多く、事業が軌道に乗ったら税理士に任せるのが効率的です。
この記事の目次
ネットショップの確定申告で押さえるべきポイント
売上の計上タイミングは「出荷日」が原則
ネットショップの売上は、入金日ではなく「商品を出荷した日」で計上するのが原則です。12月31日に出荷した商品の代金が翌年1月に入金されても、12月の売上として計上します。
BASEやShopify、楽天市場などのプラットフォームでは、売上確定日と入金日にタイムラグがあるため、この点を正しく処理しないと税務調査で修正を求められる可能性があります。
在庫管理と棚卸は利益計算の要
売上原価は「期首在庫＋当期仕入−期末在庫」で計算するため、年末時点の在庫金額を正確に把握することが必須です。在庫を多く抱えているほど売上原価は小さくなり、利益が大きく計算されます。
送料・決済手数料・ポイント値引きの処理
- 送料は「荷造運賃」として経費計上
- クレジットカード決済手数料は「支払手数料」として経費計上
- ポイント値引きは売上から直接差し引くか、販売促進費として処理
- プラットフォーム手数料（楽天・BASE等）は「販売手数料」として経費計上
越境ECの消費税処理は複雑
海外向け販売は消費税が免税になる
日本から海外に商品を販売する場合、消費税は免税（輸出免税）となります。ただし、免税の適用を受けるには輸出許可書などの証拠書類を保管しておく必要があります（出典 国税庁 輸出免税等の範囲）。
海外から仕入れた場合は関税と輸入消費税に注意
中国やアメリカから商品を仕入れている場合、関税と輸入消費税が発生します。輸入消費税は仕入税額控除の対象になるため、通関書類を保管しておくことが重要です。
ネットショップに強い税理士を選ぶポイント
EC・物販の確定申告実績があるかを確認する
ネットショップの税務は、売上の計上タイミング・在庫管理・送料や手数料の処理・越境ECの消費税など、EC特有の論点が多い分野です。EC事業や物販の申告経験が豊富な税理士を選ぶと安心です。
越境EC・海外取引に対応できるか
海外向け販売や海外仕入れを行っている場合は、輸出免税や輸入消費税の処理に詳しい税理士が必要です。
ネットショップ運営者が税理士に依頼した場合の費用目安
| 依頼内容 | 費用目安 |
|---|---|
| 確定申告のみ | 5〜15万円 |
| 顧問契約（月額） | 1〜3万円 |
| 記帳代行込み（月額） | 2〜5万円 |
| 法人化サポート | 10〜30万円 |
小規模なネットショップであれば、確定申告のみの依頼で年間5〜15万円が目安です。
複数の税理士を比較したい場合は、無料の税理士紹介サービスを活用すると効率的です。
ネットショップ・EC運営に強いおすすめ税理士事務所5選
ここからは、ネットショップ・EC事業の税務に実績のある税理士事務所を紹介します。いずれもEC特有の売上管理・在庫処理・越境ECに精通した事務所です。
税理士法人ウィズ
- ネットショップ・オンラインショップ専門の税理士法人として全国対応
- 30社超のネットショップ顧問実績、開業約20年でクレームほぼゼロ
- 月額9,800円〜・決算料0円〜のリーズナブルな料金設定
東京・日本橋人形町に拠点を置くネットショップ専門の税理士法人です。30社超のEC事業者を顧問先に持ち、月次決算の迅速化と経営数字の見える化を通じてオンラインショップ経営を総合的にサポートしています。
月額9,800円〜という手頃な料金で全国対応可能です。（ネットショップ専門を掲げる税理士法人は数少なく、EC事業者にとって頼れる存在です）
料金体系
| プラン | 月額顧問料 | 決算料 |
|---|---|---|
| 会計サポートプラン | 9,800円〜 | 0円〜 |
| 経営サポートプラン | 要問合せ | 要問合せ |
- 住所
- 東京都中央区日本橋人形町1-2-5 ERVIC人形町4階
- 最寄駅
- 人形町駅A6出口 徒歩3分
- 電話番号
- 0120-992-369
宮川公認会計士税理士事務所
- Amazon・楽天・Yahoo!・eBayなどEC事業者の顧問先が多数
- freee・マネーフォワードなどクラウド会計を活用した経理効率化支援
- 法人化・資金調達・補助金活用まで幅広い経営コンサルティング
福岡・天神に拠点を構えるEC専門の公認会計士・税理士事務所です。Amazon、楽天、Yahoo!など大手ECプラットフォーム出店者の顧問経験が豊富で、ネットショップ特有の会計処理に精通しています。
クラウド会計を活用した経理効率化から事業計画立案・融資支援まで一貫対応が可能です。（公認会計士と税理士のダブルライセンスで、質の高い税務サポートが受けられます）
料金体系
| プラン | 月額顧問料 | 決算申告料 |
|---|---|---|
| 個人顧問 | 22,000円〜 | 月額報酬の5ヶ月分 |
| 法人顧問（ライト） | 27,500円〜 | 月額報酬の6ヶ月分 |
| 法人顧問（スタンダード） | 33,000円〜 | 月額報酬の6ヶ月分 |
税理士法人Accompany
- 150社超のEC支援実績を持つネットショップ・EC専門税理士法人
- 全国対応・初回無料相談で気軽に相談可能
- 税務だけでなくキャッシュフロー経営・経営戦略まで包括的に支援
福岡市に本拠を置き、150社超のEC事業者を支援してきた実績を持つ税理士法人です。ネットショップ・ECに完全特化しており、国内外の税務対応から経営戦略の立案まで一貫したサポートを提供しています。
全国対応で初回相談無料のため、地方のEC事業者でも気軽に利用できます。（150社超のEC支援実績は業界トップクラスです）
料金体系
| サービス | 料金 |
|---|---|
| 顧問プラン | 要問合せ（個別見積り） |
| 初回相談 | 無料 |
松尾会計事務所
- ネット通販クライアント多数でEC・アフィリエイト・eBayの申告実績が豊富
- Amazon・eBay対応のオリジナルExcel出納帳を顧問先に無料貸与
- 関西圏を中心に全国対応可能
兵庫県西宮市に拠点を置く、ネットビジネス税務に強い会計事務所です。ネット通販・せどり・アフィリエイトなどの確定申告実績が豊富で、Amazon・eBay対応のオリジナル出納帳ツールの提供が特徴です。
EC事業者に寄り添った実務的なサポートが受けられます。（オリジナルの出納帳ツールを提供している点は、日々の売上管理に役立ちます）
料金体系
| サービス | 料金 |
|---|---|
| 顧問プラン | 個別見積り |
| 初回相談 | 無料 |
- 住所
- 兵庫県西宮市神楽町5番5号 ラ・ベルジュ夙川2F
- 最寄駅
- JR神戸線 さくら夙川駅 徒歩1分
- 電話番号
- 0798-56-8415
今井会計事務所
- ネットショップの節税対策・税務調査対策に強く黒字化コミット
- 資金調達の成功率100%の実績を持つ経営支援力
- 月額15,000円〜で対面サポートも充実
東京都中央区日本橋に拠点を構える会計事務所で、ネットショップの節税対策と税務調査対策を得意としています。資金調達100%成功の実績があり、黒字化に向けた経営支援にも力を入れています。
月額15,000円〜の顧問料で記帳代行・決算申告込みのため、コストパフォーマンスが高い事務所です。（EC事業者の成長を税務・経営の両面からサポートしてくれます）
料金体系
| 売上規模 | 月額顧問料 | 備考 |
|---|---|---|
| 年間売上1,000万円以内 | 15,000円〜 | 記帳代行・決算申告含む |
| 年間売上1,000万円超 | 要問合せ | 規模に応じた個別見積り |
ネットショップ・EC運営に対応している税理士事務所5社
ここからは、ネットショップ・EC事業の顧問や確定申告に対応している事務所です。掲載内容は各事務所の公式サイトで確認できたものだけに絞っています。
石割公認会計士事務所
- 楽天市場・Yahoo!ショッピング出店店舗の顧問が中心
- 損益分岐点など会計データを経営に使うアドバイスが得意
- 東京・神奈川を中心に対応
港区高輪の公認会計士・税理士事務所で、ネットショップ向けの専用ページを設けています。楽天市場やYahoo!ショッピングの出店店舗を中心に顧問を担当しており、モール出店特有の手数料やポイント原資の処理に慣れているのが強みです。
会計データを損益分岐点などの形に落として経営判断に使う支援を掲げています。報酬は公式サイトに掲載がないため、見積もりを取って確認してください。
東京IT会計事務所
- Amazon輸出・せどり・中国輸入などネット物販に特化
- ネット物販で年間100件を超える申告実績
- チャットワークなどオンライン中心のやり取り
ネットビジネス専門をうたう千代田区永田町の会計事務所です。なかでもネット物販に特化しており、年間100件を超える申告実績があると公表しています。Amazon輸出・せどり・中国輸入・eBay・PayPal・Payoneerといった、物販特有の決済や輸出入まわりに強いのが特徴です。
記帳報酬と申告報酬が分けて公開されているため、記帳を自分でやるかどうかで費用を調整しやすい料金体系になっています。
料金体系
| サービス | 料金（税抜） |
|---|---|
| 経理記帳報酬 | 月14,000円〜 |
| 申告報酬 | 1回20,000円〜 |
中野税務会計事務所
- ネットショップ向けの専用ページで開業から解説
- 輸出免税・関税・輸入消費税など越境取引に対応
- 年間顧問は月々5,000円（税別）から
名古屋市中区の税務会計事務所です。ネットショップ向けのページで、モール出店と独自サイト構築の違い、決済・配送・SEOまで含めた開業の流れを解説しています。
輸出入の名義に関する問題、輸出免税取引、関税や輸入消費税の扱いなど、経理が煩雑になりやすい越境取引の記帳代行から決算・確定申告まで対応しています。（海外から仕入れて国内で売るタイプのショップには相性が良い事務所です）
料金体系
| サービス | 料金 |
|---|---|
| 年間顧問 | 月々5,000円（税別）〜 |
| 記帳代行 | 基本月額3,000円（税抜）＋仕訳数に応じた加算 |
遠藤隆介税理士事務所
- フリーランス・ネットショップ中心の税理士
- せどり・アフィリエイト・ネットオークションにも対応
- 確定申告の料金が売上規模ごとに公開されている
滋賀県草津市の税理士事務所です。「フリーランス・ネットショップ中心」と明記しており、せどり・アフィリエイト・ネットオークション・YouTuberなど、個人のネット収入の申告を得意としています。クラウド会計にも対応しています。
確定申告の料金が売上規模と記帳の有無で表になっているため、依頼前に費用が読めます。自分で経理・申告をしたい人向けの記帳指導や税務相談のメニューも用意されています。
料金体系
| 内容 | 料金（税込） |
|---|---|
| 確定申告（事業・不動産・副業）売上1,000万円以下 | 記帳あり55,000円／記帳なし66,000円 |
| 同 売上3,000万円以下 | 記帳あり66,000円／記帳なし77,000円 |
| FXの申告／暗号資産の申告（取引報告書あり） | 各22,000円 |
| 個別税務相談（最大3時間） | 12,000円 |
高田総合会計事務所
- 業種別の専門税務に「ネットショップの税務」を掲載
- 税務調査で狙われやすい論点を踏まえた対応
- 京都・大阪を中心に対応
京都市上京区の税理士事務所です。業種別の専門税務のひとつとしてネットショップの税務を掲げ、税務調査の対象になりやすいネットショップに共通する点を挙げたうえで、専門の税理士に任せるべきだと案内しています。記事作成時点では高田直浩税理士事務所から高田総合会計事務所へ名称が変わっています。
報酬は公式サイトに掲載がないため、見積もりを取って確認してください。
関連する業種の税理士
「EC・ネット副業」に関係する記事です。近い業種の記事もあわせて読むと、自分の場合にどこまで税理士に任せるか判断しやすくなります。
最後に
ネットショップ運営の税務は、売上の計上タイミング・在庫管理・各プラットフォームの手数料処理・越境ECの消費税など、独自の論点が多い分野です。事業が成長するにつれて取引量が増え、自力での経理処理は限界がきます。EC事業に詳しい税理士に依頼することで、正確な申告と効率的な経理体制を実現できます。
税理士選びで迷っている方は、税理士ドットコムの無料紹介サービスを活用してみてください。EC事業に対応できる税理士を無料で紹介してもらえます。
をオススメします。
