クリニック開業に強い税理士の選び方と開業準備のポイント

クリニックの開業は、物件選定・資金調達・届出手続き・スタッフ採用など多くの準備が必要です。この記事では、クリニック開業を検討している医師が税理士に依頼するメリットと、開業支援に強い税理士の選び方を解説します。結論として、クリニック開業は1,000万〜1億円規模の投資判断であり、開業の構想段階から税理士を巻き込むことで、資金計画と節税の両面で最適な判断ができます。

クリニック開業で税理士に相談すべきタイミングは「構想段階」

開業前の資金計画で税理士のサポートが必須

クリニックの開業資金は、診療科によって大きく異なります。

診療科	開業資金の目安
内科	3,000〜6,000万円
眼科	5,000〜8,000万円
整形外科	5,000〜1億円
皮膚科・心療内科	2,000〜4,000万円
歯科	3,000〜6,000万円

この規模の投資判断を一人で行うのはリスクが大きく、税理士に資金計画のシミュレーションを依頼するのが最も確実です。

個人開業か法人設立かで税金が大きく変わる

クリニックを個人で開業するか、最初から医療法人として設立するかで、税負担やランニングコストが大きく異なります。個人開業は手続きが簡単で初期コストが低い一方、所得が大きくなると税率が不利になります。

一般的には、個人で開業して軌道に乗ってから医療法人化するパターンが主流です。法人化のタイミングは所得1,500〜2,000万円が一つの目安ですが、地域や診療科によって最適なタイミングは異なるため、税理士と相談して判断すべきです。

クリニック開業時に必要な届出と手続き

税務署への届出

• 開業届（開業後1ヶ月以内）
• 青色申告承認申請書（開業後2ヶ月以内）
• 給与支払事務所等の開設届出書（スタッフを雇用する場合）
• 源泉所得税の納期の特例の承認申請書（従業員10人未満の場合）

保健所・厚生局への届出

• 診療所開設届（保健所に開設後10日以内）
• 保険医療機関指定申請（地方厚生局）
• 各種届出（生活保護指定医療機関、労災保険指定医療機関など）

これらの届出は期限を逃すと保険診療の開始が遅れるなど、経営に直結する影響が出ます。税理士と行政書士が連携してサポートしてくれる事務所を選ぶと安心です。

クリニック開業時の融資と資金調達

日本政策金融公庫と民間金融機関の併用が一般的

クリニックの開業資金は、日本政策金融公庫の融資と民間金融機関からの借入を併用するのが一般的です。医師は社会的信用が高いため、融資の通過率は比較的高い傾向にありますが、事業計画書の完成度が審査に影響します。

開業支援に実績のある税理士であれば、診療科の特性を踏まえた事業計画書を作成し、融資面談の対策までサポートしてくれます。

医療機器のリースか購入かで税務処理が変わる

高額な医療機器（CT・MRI・内視鏡など）は、リースと購入のどちらを選ぶかで税務上の扱いが異なります。購入すれば減価償却資産として毎年経費計上でき、リースならリース料を経費計上します。キャッシュフローと税務の両面から最適な判断を税理士と相談してください。

クリニック開業後の税務ポイント

社会保険診療報酬の概算経費特例を活用する

年間の社会保険診療報酬が5,000万円以下の開業医は、実際の経費に関わらず概算経費を計上できる特例があります。この特例を使えば実際の経費より多くの金額を経費として計上でき、節税につながるケースがあります（出典 国税庁 社会保険診療報酬の所得計算の特例）。

スタッフの採用と労務管理

看護師・受付・事務スタッフを雇用すると、給与計算・源泉徴収・社会保険の手続きが発生します。社労士と連携している税理士事務所であれば、税務と労務をワンストップで対応してもらえます。

クリニック開業支援に強い税理士を選ぶポイント

医療機関の開業支援実績が豊富かを確認する

クリニック開業は一般的な起業とは異なる論点が多いため、医療機関の開業支援実績が豊富な税理士を選ぶことが重要です。開業コンサルタントと連携している事務所であれば、物件選定から集患戦略まで相談できます。

医療法人化の支援実績があるか

将来的な医療法人化を見据えて、法人化の支援実績がある税理士を最初から選んでおくと、個人開業から法人化までスムーズに移行できます。

クリニック開業時の税理士費用の目安

依頼内容	個人開業	医療法人
月額顧問料	3〜8万円	5〜15万円
確定申告・決算料（年額）	15〜30万円	30〜60万円
開業支援（スポット）	30〜80万円	—
医療法人化サポート	50〜100万円	—

複数の税理士を比較したい場合は、無料の税理士紹介サービスを活用すると効率的です。

クリニック開業支援に強いおすすめ税理士事務所5選

ここからは、クリニックの開業支援に実績のある税理士事務所を紹介します。

フェイス税理士事務所

参照元 フェイス税理士事務所

• 毎年10件以上のクリニック開業支援実績、累計200件以上の医療機関サポート
• 代表税理士はMBA取得・認定登録医業経営コンサルタント
• 累計資金調達20億円以上の実績、開業前準備支援は無料

大阪を拠点に、医科・歯科の開業支援に特化した税理士事務所です。代表の高田祐一郎税理士はMBAを取得し、累計200件以上の医療機関をサポートしています。

開業前の事業計画策定から資金調達まで無料で支援してくれるのは大きなメリットです。（20億円超の資金調達実績は開業支援の専門性の証です）

料金体系

サービス	料金
初回相談（60分）	無料
開業前準備支援（事業計画策定・資金調達）	無料
顧問料	要問い合わせ

サン共同税理士法人

参照元 サン共同税理士法人

• 税理士18名以上・元銀行融資担当者2名在籍の大規模体制
• 年間100社以上の融資支援実績、着手金0円の完全成功報酬型
• 最短2週間で融資実行、整形外科3,000万円・眼科5,000万円の高額融資実績

全国10拠点を展開する大規模税理士法人で、クリニック開業時の資金調達支援に特に強みを持ちます。元銀行融資担当者が在籍し、着手金0円の完全成功報酬型で融資をサポートしています。

融資成功時に融資額の2〜3%を支払う明確な料金体系です。（最短2週間で融資実行は業界でもトップクラスのスピードです）

料金体系

サービス	料金
着手金	0円
融資成功報酬	融資額の2〜3%
融資実行期間	最短2週間

税理士法人TOTAL 医療福祉本部

参照元 税理士法人TOTAL

• 約400件の病院・クリニックの顧問実績、全国18事務所展開
• 税理士・公認会計士・社労士・行政書士・司法書士の多職種チーム
• 開業場所と資金計画が確定するまでは費用がかからない

全国18事務所を展開する大手税理士法人の医療専門部門です。約400件の医療機関の顧問を務め、クリニック開業支援から医療法人設立、事業承継・M&Aまでワンストップで対応しています。

開業場所と資金計画が確定するまで費用がかからないため、構想段階から安心して相談できます。（400件の医療機関顧問は国内最大級の実績です）

料金体系

サービス	料金
初回相談	無料
開業前相談（場所・資金計画確定まで）	無料
開業支援費用	要問い合わせ

税理士法人YFPクレア

参照元 税理士法人YFPクレア

• 160件以上の医療機関サポート実績
• 融資支援は年間100件以上・成功率100%
• クラウド会計・レセコン連動にも対応

新宿・四谷を拠点に、160件以上の医療機関をサポートする税理士法人です。融資支援は年間100件以上で成功率100%を誇り、9,000万円規模の高額開業資金の調達実績もあります。

融資成功率100%はクリニック開業を考える医師にとって最も心強い実績です。（レセコンとの連動対応も、クリニック運営の効率化に貢献します）

料金体系

サービス	料金（税別）
経営顧問（税務顧問契約あり）	月額50,000円〜
経営顧問（税務顧問契約なし）	月額70,000円〜
給与計算代行（6名以上）	月額1,500円/人

川島税理士事務所

参照元 川島税理士事務所

• クリニック・医院専門の税理士事務所、実務経験20年以上
• 税理士2名が専属担当で密着サポート
• 新規開業・継承開業・既開業医まで幅広く対応

東京・八丁堀を拠点に、クリニック・医院に完全特化した税理士事務所です。実務経験20年以上の税理士2名体制で、開業医一人ひとりに密着したサポートを行っています。

MS法人活用コンサルティングやライフプランコンサルなど、開業医の長期的な資産形成も支援しています。（20年超のクリニック特化実績は業界でもトップクラスです）

料金体系

サービス	料金
税務顧問・記帳代行	要問い合わせ
初回相談	無料

最後に

クリニック開業は1,000万〜1億円規模の投資判断であり、資金計画・届出手続き・税務処理のすべてにおいて専門知識が求められます。開業の構想段階から医療に詳しい税理士を巻き込むことで、融資の成功率を高め、開業後の経営を安定させることができます。

税理士選びで迷っている方は、税理士ドットコムの無料紹介サービスを活用してみてください。クリニック開業に対応できる税理士を無料で紹介してもらえます。